洪灾时饮用水源或供水系统遭到严重的污染或破坏；洪水退后，动、植物体的腐烂，大小水体的存在等造成蝇、蚊的大量孳生。因此，洪灾后认真搞好消毒工作与媒介生物的控制是防止灾后出现大疫的重要卫生防疫措施之一。

　　 饮用水处理与消毒：

　　沉淀处理。加混凝剂硫酸铝（硫酸铁）１．２５～２．５克／２５升或明矾２．５～３．７５克／２５升，搅和至水中出现矾花为止，静置澄清约１个小时，取上清水进行消毒，去下混浊水。实无混凝剂时也可直接将混浊水静置，但沉淀时间要长得多。

　　消毒澄清水加消毒剂作用３０分钟，有效氯的投加量一般应不少于１～２毫克／升。消毒剂可任选一种使用，如漂白粉，４～８毫克／升；漂白精，２～４毫克／升；优氯净，４毫克／升；其他消毒剂使用详见使用说明书。有的将消毒后的水再加脱味剂，如０．５克无水硫代硫酸钠可使５００升水中去掉１毫克／升的氯，以解决消毒后的水味问题。

　　粪便处理：

　　粪便处理不好，极易污染水源，孳生蝇类。灾民安置点设临时厕所，不随地大小便。

　　粪便消毒采用１０份粪水加１份漂白粉，搅拌，２小时后倒在指定地点掩埋。 肠道传染病人的粪便，按５份与漂白粉１份的比例，或加等量生石灰，搅匀２～４小时后，倒在指定地点掩埋。

　　动物尸体处理：

　　对洪灾造成的动物尸体，要及时进行消毒、深埋在１．５～２米以下。掩埋点须选在地势高、远离水源处。尸体选用１０％漂白粉澄清液，按２００毫升／平方米用量喷雾，１～２小时后掩埋，掩埋时再用漂白粉干粉２０～４０克／平方米的量洒盖于尸体上，然后覆土掩埋。运输车辆、使用的工具，用１～２％的漂白粉澄清夜喷雾，１小时后方可作他用。